"L'objectif recherché qui est de dresser entre eux, et de manière irrémédiable, chrétiens et musulmans est voué à l'échec", a dit M. Boubakeur, dans une déclaration lue à l'AFP.
"Il n'y a pas de conflit entre les deux religions", a-t-il ajouté, appelant les musulmans à "respecter et protéger leurs frères chrétiens où qu'ils soient".
L'attentat d'Alexandrie a été perpétré vendredi peu après minuit devant une église copte alors que des fidèles venaient d'assister à une messe.
Cet "ignoble massacre (...) suscite en nous l'horreur et la condamnation la plus formelle de cet acte de pur terrorisme", a dit M. Boubakeur.
Samedi, le Conseil français du culte musulman (CFCM) et le Rassemblement des musulmans de France (RMF) avaient déjà condamné "avec la plus grande vigueur" un acte "abject".
Un hommage aux victimes de l'attentat sera par ailleurs rendu dimanche en l'église Notre-Dame-de-Paris en présence de l'ambassadeur d'Egypte en France.
"On est réunis pour prier pour les victimes et pour tous les chrétiens persécutés dans le monde", a indiqué à l'AFP une porte-parole du diocèse de Paris.
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